Джон Уильям Уотерхаус родился в Риме 6 апреля 1849 года. Точная дата его рождения неизвестна, он был крещен 6 апреля, а более поздний исследователь работ Уотерхауса Питер Триппи полагал, что он родился между 1 и 23 января. Его родители Уильям и Изабелла Уотерхаус были известными художниками.

В том же 1849 году члены Братства прерафаэлитов, возглавляемого Данте Габриэлем Россетти (туда входили Джон Эверетт Милле, Уильям Холмана Ханта и другие художники), впервые заявили о себе и тем самым вызвали недовольство, своим творчеством нарушив устои традиционной викторианской Англии. Их течение оживило художественный мир Лондона.

В 2018 году был скандал, связанной с одной из  картин Джона Уильяма Уотерхауса   «Гилас и нимфы». Эта картина была снята с экспозиции и удалена из зала выставки «В погоне за красотой», происходившей в Художественной галерее Манчестера, на которой экспонировались картины прерафаэлитов. Картины, представленные на на этой выставке, куратор современного искусства Клэр Ганнауэй назвала «очень старомодными» из-за изображения женщин как «либо пассивных красивых объектов, либо роковых женщин». 

На месте удаленной картины появилось множество стикеров, подобных приведенному ниже, выражающих возмущение от акта цензурирования произведений искусства под давлением радикального феминизма и движения MeToo. 

Картину всё же удалось вернуть в экспозицию под общественным давлением, тем не менее ханжество некоторых деятелей, администрирующих искусство в XXI веке, превосходит ханжество, царившее в викторианскую эпоху, в которой жил и творил Джон Уильям Уотерхаус. 

 Еще одна картина вызвала возмущение ханжески настроенной публики в ХХI веке. На картине «Святая Евлалия» изображена тринадцатилетняя Евлалия. Девочка изображена полуобнаженной, и это вызывает вопросы у некоторых ханжески настроенных наших современников. 

Вернусь к биографии художника.

Джон рос в творческой семье, поэтому в доме его родителей часто бывали другие художники, поэты и музыканты. 

Сама атмосфера Рима, его архитектура, скульптурные памятники, величественные фонтаны, придавала городу особый флёр, навевая творческую атмосферу.

Все эти факторы, повлиявшие на творческое развитие  Джона, обусловили особый, определенный стиль его творчества. Ближе всего его стиль соответствует позднему прерафаэлитизму. Но Уотерхаус формально никогда не принадлежал к этому течению.

Через пять лет, в 1854 году, семья Уотерхаусов вернулась в Лондон после проживания в Италии. Они переехали в недавно построенный дом в Южном Кенсингтоне, в Лондоне, недалеко от недавно основанного Музея Виктории и Альберта.

Родные и близкие друзья часто называли мальчика «Нино». Поскольку Джон Уильям рос в семье художников, для него было естественным рисовать с самого детства, первые свои уроки он получил от матери и отца. Он делал наброски произведений искусства, которые экспонировались в Британском музее и Национальной галерее в Лондоне. Он многому научился у отца, помогая ему в работе.

В 1871 году Джон поступил в школу Королевской академии художеств, сначала для изучения скульптуры, а затем он поменял направление и стал заниматься живописью.

Ранние работы Уотерхауса были скорее в духе классицизма, чем  прерафаэлитизма. Тогда у него ещё не было своего уникального узнаваемого почерка, и он скорее подражал модным в то время художникам, таким как сэр Лоуренс Альма-Тадем. Его картина «Гипноз и его брат Танатос», выставленная ​​на летней выставке Королевской академии, имела успех, после этого Уотерхаус регулярно выставлялся на ежегодной выставке вплоть до 1916 года, пропустив лишь 1890 и 1915 года.

В 1883 году Уотерхаус женился на Эстер Кенуорти, дочери учителя художественной школы из Илинга. Эстер выставляла свои картины с изображениями цветов в Королевской академии.

За время брака они потеряли двоих детей.

В 1895 году Уотерхаус был избран действительным членом академии художеств. Он преподавал в Художественной школе Сент-Джонс Вуд, вступил в Клуб искусств там же и работал в Совете Королевской академии.

Джон Уотерхаус развил свой собственный стиль, он сочетал элементы классицизма и романтизма, в его картинах фантазия переплеталась с реальностью.

Джона Уотерхауса всё время тянуло в свою любимую солнечную Италию, в которой он родился. И он неоднократно ездил туда за вдохновением.

Работы этого периода ясно показывают интерес живописца к темам прерафаэлитизма, темами его картин являются изображения трагических моментов в судьбах властных женщин («Цирцея Инвидиоза», «Клеопатра», «Цирцея, завлекающая Одиссея», другие). Также работы этого периода показывают интерес художника  к пленэру.

С начала XX столетия Уотерхаус принимает активное участие во многих общественных организациях деятелей искусства Великобритании.

Художник рисовал до последнего дня, несмотря на то, что у него было диагностировано тяжелое смертельное заболевание, сопровождающееся сильными болями.

Джон Уотерхаус скончался от онкологического заболевания 10 февраля 1917 года, похоронен в Лондоне на кладбище Kensal Green.

О его личной жизни практически ничего не известно, сохранилось лишь несколько писем. И о его натурщицах, и о взаимоотношениях художника с ними, также очень мало известно. На некоторых полотнах можно узнать черты одной и той же модели. Недавно исследователи творчества этого художника искусствоведы Кен и Кэти Бейкер идентифицировали её личность. Это мисс Мюриэл Фостер, которая позировала для  образов Миранды, Изольды, Психеи и некоторых других. Она впервые появляется на картине «Гилас и нимфы», причём, все нимфы имеют лицо Мюриэл. 

Несмотря на то, что у художника была репутация хорошего семьянина, так необходимая для успеха в ханжескую викторианскую эпоху, возможно, что отношения Джона и Мюриэл продолжались на протяжении всей жизни художника. После смерти художника Мюриэл больше никому не позировала. Она работала медсестрой и не так и не вышла замуж, умерла она в 1969 году в Окленде, в возрасте 91 года.

В июне 2006 года картина «Святая Цецилия» была продана на аукционе «Кристис» фонду Ллойда Веббера за 6,6 млн. фунтов стерлингов.